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黑色素细胞的缺失是白癜风发病的主要原因之一，也是导致白癜风的直接因素。黑色素细胞主要功能是形成黑色素，人体的正常与健康的肤色是黑色素合成与代谢平衡的结果。当黑色素细胞功能障碍或结构破坏时，黑色素形成减少或停止，但是黑色素降解与破坏依然进行，其结果皮肤色素变淡或脱失，便可引发白癜风。
黑素细胞内的酪氨酸也是一种酚类化合物，它的羟基对位有烷基一羟酸侧链，在酪氨酸酶的氧化作用下，形成中间产物的一部分，被还原成半醌游离基，具有细胞毒性作用，能使脂类及脂蛋白类等构成的细胞器的膜及至细胞膜遭到损伤，例如细胞器溶酶体的膜，受到黑素形成过程中产生这些中间产物的作用，便会遭到破坏，溶酶体内的消化酶便释放到细胞浆内，进一步损伤其他细胞器，甚至整个细胞。这些中间代谢产物又是黑色素形成过程中必须经过的步骤，没有这些中间产物便不能形成黑色素。黑色素是我们人体皮肤组织下的重要细胞，也是直接导致白癜风发病的根本来源。
那么，对于黑色素细胞的分解与它的在再功能，半醌类物质对黑色素细胞可能具有双相作用，试验表明，在皮肤涂擦氢醌单苯醚，一方面可使黑色素细胞及其生成的黑色素数量增加。这可能是在半醌类物质影响下，刺激前列腺素的形成，而后者可提供黑色素的合成，如果这引起半醌类等毒性物质外涂量过大，用药时间过长，黑素细胞便会遭到破坏，这便是双相作用的另一方面。或者由于接触醌类物质机体，清除自身细胞毒性物质的生化过程又存在着先天性缺陷，体内这些毒性物质的毒性作用便大增，黑素细胞遭破坏，这是黑素细胞自毁学说的一种说法。如果没有外界的因素来破坏黑色素，如皮肤的损伤等，那么导致白癜风的发病就是体内的原因所致了。
那么白癜风终而是出现在皮肤上，黑色素细胞在另外程度就起到了反应，在黑色素细胞自毁过程中可能有免疫反应参与，即破坏了的黑色素细胞又成为抗原，通过免疫机制形成抗黑色素细胞抗体，使黑色素细胞受到免疫反应的损伤，出现恶性循环，黑色素细胞受损愈来愈多，愈来愈厉害，这也表明了白癜风的发病会越来越严重，导致治疗时的难度越来越大。
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